رونویسی
RNAاز روی یک رشته DNA رونویسی می شود. در بعضی مناطق از طول رشته DNA، یکی از دو رشته DNA برای رونویسی RNA الگوست و در مناطق دیگر، رشته ی دیگر DNA الگوست ولی در یک منطقه خاص، هر دو رشته به طور همزمان الگو نیستند.
رونویسی در پروکاریوت ها
ü پروکاریوتها دارای یک نوع RNA پلی مراز هستند که رشته DNAرا از جهت 3 پریم به 5 پریم خوانده و RNA مکمل آن را در جهت 5 پریم به 3 پریم می سازد.
ü در ابتدای رونویسی، دو رشته DNA از هم باز می شوند تا یکی از رشته ها به عنوان الگو در رونویسی ایفای نقش کند.
ü رونویسی در پروکاریوت ها با سرعت بالا (40 نوکلئوتید در ثانیه در دمای 37 درجه به RNA می چسبد) انجام می شود.
ü در ناحیه پایان رونویسی، RNA رونویسی شده از داخل DNA الگو رها شده و آنزیم RNA پلی مراز از روی DNA برداشته می شود.
ü RNA پلی مراز پروکاریوتی، آنزیمی است بزرگ که حاوی دو نسخه زیر واحد پلی پپتیدی آلفا، یک نسخه بتا، یک نسخه بتا پریم و یک نسخه سیگما است (به این کمپلکس آانزیمی، هولو آنزیم می گویند). پس از شروع رونویسی، زیر واحد سیگما جدا می شود و RNA پلی مراز، بدون زیر واحد سیگما رونویسی را ادامه و به پایان می رساند. زیر واحد سیگما برای شناسایی جایگاه های صحیح رونویسی و آغاز رونویسی از این جایگاه ها اهمیت دارد.
ü به محل اتصال RNA پلی مراز به DNA که محل آغاز رونویسی است؛ راه انداز گوییم.
ü پروتئین های غیر هیستونی محرک رونویسی DNA و پروتئین های هیستونی بازدارنده رونویسی DNA هستند.
توالی های مورد توافق
راه اندازها بیشتر در دو بخش 6 جفت نوکلوئتیدی طول DNA، که به توالی های مورد توافق موسوم اند (توالی مورد توافق TATAAT و توالی مورد توافق (TTGACA، به هم شباهت دارند که این دو توالی را به ترتیب توالی 10- (جعبه ی پریبنو) و 35- گویند و مناطقی از طول رشته DNA که شامل این توالی های مورد توافق باشد؛ محل آغاز رونویسی است (1+ مکان نسخه برداری از اولین نوکلئوتید رشته RNA یا مبدأ رونویسی است).
میزان رونویسی یک ژن، به میزان شباهت بین راه انداز آن و توالی مورد توافق بستگی دارد.
پایان رونویسی در پروکاریوت ها
در انتهای RNA ی تازه رونویسی شده، ساختاری موسوم به سنجاق سر تشکیل می شود که موجب پایان رونویسی می شود. همچنین وجود و تشکیل ردیف u در RNA که در پیوند با ردیف A در رشته DNA الگوست (U,A ضعیف ترین رابطه ی مکملی را دارند) موجب جدایی RNA از DNA و پایان رونویسی می شود.
جایگاه پایان ناحیه ای در DNA است که توالی ردیف U و ساختار سنجاق سر را رمز می کند.
رونویسی یوکاریوت ها
برخلاف پروکاریوت ها که تنها یک نوع آنزیم RNA پلی مراز دارند؛ سلول های یوکاریوتی سه نوع آنزیم پلی مراز دارند:
· RNA پلی مراز I: ژن های rRNAرا رونویسی می کند.
· RNA پلی مراز II: پیش سازهای mRNA و بعضی RNAهای کوچک را رونویسی می کند.
RNA پلی مراز III : ژن های tRNAو بعضی RNA های کوچک را رونویسی می کند.
البته هیچ کدام از این سه RNA پلی مراز یوکاریوتی، توانایی تشخیص راه انداز خود و شروع رونویسی را ندارند و هر سه برای تشخیص راه انداز خود و اتصال به آن جهت شروع رونویسی، احتیاج به پروتئین های دارند که در اصطلاح عوامل عمومی رونویسی نامیده می شوند.
نکته مهم این که راه اندازهای یوکاریوتی، از راه اندازهای پروکاریوتی شباهت کمتری به هم دارند و همچنین راه اندازهای سه آنزیم RNA پلی مراز III,II,I با یکدیگر تفاوت دارند.
در پایان رونویسی یوکاریوت ها، ممکن است در اثر برش، بیش از 1000 نوکلئوتید از انتهای 3 پریم رونوشت اولیه قطع شود. همچنین در انتهای 3 پریم اغلب RNA های تازه رونویسی شده، توالی شامل 100 تا 200 ریبونوکلئوتید آدنین وجود دارد که این توالی که از روی الگو ساخته نمی شود؛ به دم پلی A موسوم است.
همچنین ذکر این نکته ضروری است که در یوکاریوت ها، تمام طول DNA، بین جایگاه آغاز و پایان، رونویسی می شود و در رونوشت اولیه تجلی می یابد. زمان پیرایش، بخش هایی از رونوشت اولیه حذف و سایر قسمت ها حفظ می شوند. به بخش های حذف شده اینترون و به بخش های باقی مانده اگزون گویند که پس از حذف انترون ها، اگزون های باقی مانده، توسط آنزیم لیگاز به هم متصل می شوند و RNA نهایی را تشکیل می دهند. به همین دلیل است که می گویند ژن های یوکاریوتی به صورت منقطع رونویسی می شوند.